Anche sulla Filanda Motta gravarono le difficoltà che la guerra portò con se. Le materie prime scarseggiavano, i trasporti erano difficoltosi e vi erano disposizioni restrittive riguardanti le esportazioni. Nel 1916, ad esempio, durante il quarto trimestre di attività, il lavoro della filanda proseguiva con circa metà operaie. 
La famiglia e parte dello stabilimento si trasferirono a Modena con conseguente riduzione dell'attività.

Il tutto comunque precipitò dopo la rotta di Caporetto dell'autunno del 1917, quando il territorio di Mogliano si ritrovò ad essere zona di retrovia del fronte del Piave. Nei locali dell'azienda Motta trovarono alloggio il comando della III sezione Rifornimento Aerostatici della III Armata e un ospedale inglese, mentre nella villa si insediarono ufficiali inglesi e il comando della prima Brigata Bombardieri 31 Batteria. L'attività della filanda venne convertita per le esigenze militari, in particolare per la riparazione dei "draken", i grossi palloni aerostatici che partivano dal vicino campo di Marcon per attività di spionaggio nelle zone occupate.

Nelle campagne vennero costruite opere di difesa per una seconda o terza linea, nel caso che gli austriaci avessero sfondato la linea del Piave, utilizzando gran parte del materiale reperito nell'azienda agricola e proveniente dalla villa.

Il 4 novembre 1918 terminava la guerra e nel gennaio dell'anno successivo "la filanda, la Confezione Seme Bachi ed Essicatoi della ditta del Cav. Pietro Motta" erano ancora occupati da truppe di passaggio tanto che il presidente della Camera di Commercio di Treviso invitava il Prefetto ad ordinare al più presto lo sgombero di tali locali.